Drejtimi administrativ i Spitaleve Universitare është në varësi të Ministrisë së Shëndetësisë ndersa drejtimi institucional është në varësi të Ministrisë së Shëndetësisë dhe të Ministrisë së Arsimit e Shkencës sipas Vendimit të Këshillit të Ministrave Nr.70, datë 15.02. 2001.
Qendra Spitalore Universitare, sipas VKM Nr. 352, datë 09.09.1997, pika 5 është emëruar “Nënë Tereza”.
Qendra Spitalore Universitare “Nënë Tereza” është person juridik me zotësi të plotë për të vepruar.
Shërbimi mjekësor në QSUNT ushtrohet në përputhje me Kushtetutën e Republikës së Shqipërisë, Kodin e Punës, të Ligjit Nr. 8485, datë 12.05.1999 për “Kodin e Procedurave Administrative të Republikës së Shqipërisë”, të Ligjit Nr. 9106, datë 17.07.2003 “Për shërbimin Spitalor në Republikën e Shqipërisë”, Ligjit Nr. 10383, datë 24.02.2011 “Për Sigurimin e detyrueshëm të kujdesit shëndetësor në Republikën e Shqipërisë”, Ligjit Nr. 8615, datë 01.06.2000 “Për Urdhrin e Mjekëve në Republikën e Shqipërisë”, si dhe akte të tjera ligjore e nënligjore që lidhen me veprimtarinë e saj.